医療費控除のやり方は5ステップ|会社員でも30分で完了

医療費控除は年間10万円超の医療費を支払った会社員が、確定申告で所得控除を受けられる制度です。年末調整では申告できず、翌年1月1日から5年間いつでも還付申告が可能です（国税庁タックスアンサー）。

この記事では、スマホとe-Taxで家族分もまとめて申告する具体的な手順を解説します。

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この記事の結論

医療費控除は年末調整では受けられないため、会社員でも自分で確定申告が必要です。スマホとマイナンバーカードがあれば、国税庁の確定申告書等作成コーナーから30分程度で申告が完了します。

家族分の医療費は「生計を一にする」条件を満たせば合算でき、所得が最も高い人がまとめて申告すると節税効果が大きくなります。

今日やるべき1つ

マイナンバーカードと利用者証明用電子証明書のパスワード（4桁）を確認し、スマホにマイナポータルアプリをインストールする（10分）。

状況別ショートカット

あなたの状況	読むべきセクション	所要時間
医療費控除の仕組みを知りたい	医療費控除の基本は3つの条件で判定	3分
自分が対象か確認したい	医療費控除の対象を3分で診断	3分
スマホで申告したい	医療費控除のスマホ申告は5ステップ	10分
家族分をまとめたい	医療費控除は家族合算で節税効果アップ	5分
申告期限を知りたい	医療費控除の期限は5年間さかのぼり可能	3分

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医療費控除の基本は3つの条件で判定

「医療費控除って結局いくらから対象になるのか」という悩みは珍しくありません。医療費控除は、その年の1月1日から12月31日までに支払った医療費が一定額を超えた場合に、所得から控除できる制度です。

医療費控除は10万円超で申告可能

医療費控除の対象となる金額は「実際に支払った医療費の合計額−保険金などで補てんされる金額−10万円（または総所得金額等の5%のいずれか少ない方）」で計算します（国税庁タックスアンサー）。控除額の上限は200万円です。

年間医療費が15万円で保険金による補てんがない場合、15万円−10万円=5万円が控除対象となります。所得税率が20%の方であれば、5万円×20%=1万円の還付が見込めます。

年末調整では医療費控除を受けられない

会社員の多くは「年末調整で完結する」と考えがちですが、医療費控除は年末調整の対象外です。年末調整で処理できるのは、生命保険料控除や住宅ローン控除（2年目以降）など一部の控除に限られます（マネーフォワード）。

医療費控除を受けるには、会社員でも確定申告書を作成し、税務署に提出する必要があります。ただし、医療費控除のための確定申告は「還付申告」に該当するため、通常の確定申告期間（2月16日〜3月15日）を待たずに、翌年1月1日から申告できます。

対象となる医療費は治療目的が原則

医療費控除の対象となるのは、治療目的の診療費・手術費・入院費・薬代・通院交通費（公共交通機関）などです。美容目的の手術や健康増進だけのサプリメント費用、人間ドック（異常が発見されなかった場合）は対象外となります（freee）。

医療費控除の基本に関するよくある質問

Q. 総所得金額等が200万円未満の場合はどう計算する?

総所得金額等が200万円未満の場合、10万円ではなく「総所得金額等の5%」が差し引かれます。総所得金額等が150万円なら、7.5万円を超えた分が控除対象です。

Q. 医療費控除とセルフメディケーション税制は併用できる?

同じ年について両方を適用できません。年間医療費が10万円を超える場合は通常の医療費控除、特定一般用医薬品等購入費が1.2万円超で医療費控除に届かない場合はセルフメディケーション税制を検討してください。

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医療費控除の対象を3分で診断

「自分は医療費控除を受けられるのか」という悩みは珍しくありません。以下の診断で3分以内に判定できます。

Q1: 昨年1年間（1月1日〜12月31日）に支払った医療費の合計は10万円を超えていますか?

• はい → Q2へ
• いいえ → 【結果A】

Q2: 保険金や高額療養費で補てんされた金額を差し引いても、10万円を超えていますか?

• はい → Q3へ
• いいえ → 【結果B】

Q3: 医療費の領収書を保管していますか?

• はい → 【結果C】
• いいえ → 【結果D】

診断結果の活用方法

結果	次のステップ
結果A	セルフメディケーション税制の対象かを確認する
結果B	家族分を合算して再計算する
結果C	スマホでの確定申告を進める
結果D	マイナポータルで医療費通知情報を取得する

医療費控除診断に関するよくある質問

Q. 結果Bになったが、家族の医療費を足せば10万円を超える場合は?

「生計を一にする」配偶者や親族の医療費であれば合算できます。次のセクション「医療費控除は家族合算で節税効果アップ」を確認してください。

Q. 結果Dになったが、領収書がなくても申告できる?

マイナポータル連携で医療費通知情報を取得すれば、領収書がなくても申告可能です。ただし、医療費通知に含まれない費用（交通費など）は別途記録が必要です。

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医療費控除は家族合算で節税効果アップ

医療費控除の対象となる家族の範囲は「納税者と生計を一にする配偶者や親族」です。同居していなくても、生活費や学費、仕送りを継続的に負担していれば合算できます（国税庁タックスアンサー）。

生計を一にするは同居不要

「生計を一にする」という表現は、必ずしも同居を意味しません。別居している大学生の子どもに仕送りをしている場合や、一人暮らしの親に生活費を送っている場合も該当します。

具体的な判断基準としては、日常の生活費を共にしているか、または継続的に生活費を負担しているかがポイントです。単発の援助ではなく、定期的・継続的な経済的支援があれば「生計を一にする」と認められます。

所得が最も高い人がまとめて申告

家族で医療費をまとめて申告する場合、所得が最も高い人が申告すると節税効果が大きくなりやすいです。

所得税が累進課税制度を採用しているためです。医療費控除額が10万円の場合、所得税率10%の人が申告すると還付額は1万円ですが、所得税率20%の人が申告すると還付額は2万円になります。

マイナポータル連携で家族分を一括取得

マイナポータル連携を利用すると、本人や代理人設定した家族の医療費通知情報を自動取得し、医療費控除欄に自動入力できます（国税庁確定申告特集）。

代理人設定は、マイナポータルの「もっとつながる」機能から行えます。設定完了後、確定申告書等作成コーナーで「マイナポータル連携」を選択すれば、家族分の医療費情報も自動で取得されます。

代理人設定は、マイナポータルの「もっとつながる」機能から行えます。設定完了後、確定申告書等作成コーナーで「マイナポータル連携」を選択すれば、家族分の医療費情報も自動で取得されます。

医療費控除の家族合算に関するよくある質問

Q. 共働き夫婦の場合、どちらが申告すべき?

原則として、所得が高い方が申告すると節税効果が大きくなります。ただし、どちらか一方の医療費だけで10万円を超えている場合は、その人が自分の分だけ申告する方法もあります。

Q. 別居の親の医療費を申告する場合、証明書類は必要?

確定申告時に証明書類の提出は不要ですが、仕送りの記録（振込履歴など）は5年間保存してください。税務調査があった場合に提示を求められる可能性があります。

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医療費控除のスマホ申告は5ステップ

「スマホで本当に確定申告できるのか」という不安を持つ方もいます。国税庁の確定申告書等作成コーナーを使えば、スマホから30分程度で申告が完了します。

ステップ1: 事前準備は3点セット

スマホで医療費控除の確定申告を行うには、以下の3点が必要です（freee）。

1. マイナンバーカード
2. 利用者証明用電子証明書のパスワード（数字4桁）
3. マイナポータルアプリ（スマホにインストール）

署名用電子証明書のパスワード（英数字6〜16桁）も初回ログイン時に必要になる場合があります。パスワードを忘れた場合は、市区町村の窓口で再設定できます。

ステップ2: 国税庁サイトから作成コーナーへ

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にスマホからアクセスし、「作成開始」をタップします（国税庁確定申告特集）。

「マイナンバーカード方式」を選択し、マイナポータルアプリでQRコードを読み取るか、スマホのNFC機能でマイナンバーカードを読み取ります。

ステップ3: 源泉徴収票をカメラ読み取り

年末調整済みの源泉徴収票を手元に用意し、スマホカメラで撮影します。給与収入や源泉徴収税額などが自動で入力されます（国税庁動画）。

読み取り精度は高いですが、金額が正しく認識されているか必ず確認してください。「支払金額」と「源泉徴収税額」は還付額に直結するため、目視でのダブルチェックをおすすめします。

ステップ4: 医療費控除の明細を入力

医療費控除の入力画面で、医療費の明細を入力します。入力方法は以下の3つから選べます。

1. マイナポータル連携（医療費通知を自動取得）
2. 医療費集計フォーム（Excelで作成したデータを読み込み）
3. 手入力（医療機関ごとに1件ずつ入力）

マイナポータル連携を使えば、健康保険組合からの医療費通知が自動で反映されます。通知に含まれない費用（自費診療、交通費など）は追加で手入力してください。

ステップ5: 送信して完了

入力内容を確認し、電子署名を付与して送信します。送信完了後、受付番号が表示されれば申告完了です。

還付金は、指定した銀行口座に通常2〜3週間程度で振り込まれます。e-Taxで申告すると、書面提出より還付が早くなる傾向があります。

「事前準備は大変だが、作成自体は楽だった」

体験者からはこうした声も上がっています（【医療費控除】スマホでe-Tax、確定申告やってみた！）。

医療費控除のスマホ申告に関するよくある質問

Q. マイナンバーカードの読み取りがうまくいかない場合は?

スマホケースを外し、カードの中央部分にスマホのNFC読み取り部分を当ててください。読み取り位置は機種によって異なるため、国税庁のFAQページで確認できます。

Q. パスワードを間違えてロックされた場合は?

3回連続で間違えるとロックされます。市区町村の窓口でパスワード再設定の手続きが必要です。本人確認書類とマイナンバーカードを持参してください。

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医療費控除の期限は5年間さかのぼり可能

「申告期限を過ぎてしまった」と焦る必要はありません。医療費控除のための確定申告は還付申告に該当するため、対象年の翌年1月1日から5年間さかのぼって申告できます（freee）。

還付申告は1月1日から可能

通常の確定申告期間は2月16日〜3月15日ですが、還付申告はこの期間を待つ必要がありません。対象年の翌年1月1日から申告可能です。

2025年分の医療費控除は、2026年1月1日から2030年12月31日まで申告できます。「確定申告シーズンは混雑するから避けたい」という場合は、1月中に申告を済ませるのがおすすめです。

過去分をまとめて申告する手順

過去数年分の医療費控除をまとめて申告する場合、各年分ごとに確定申告書を作成します。確定申告書等作成コーナーで「過去の年分の作成」を選択し、対象年を指定してください。

注意点として、各年分の源泉徴収票が必要になります。紛失している場合は、勤務先の経理部門に再発行を依頼できます。

申告が遅れた場合のペナルティは基本なし

還付申告の場合、期限内であれば延滞税や無申告加算税は発生しません。ただし、5年を過ぎると時効となり、還付を受ける権利がなくなります。

「今年の分は確定申告シーズンに、過去分は落ち着いてから」という進め方も可能です。

医療費控除の期限に関するよくある質問

Q. 5年以上前の医療費は絶対に申告できない?

税務上の時効は5年のため、それ以前の分は還付を受けられません。毎年の医療費は翌年中に申告することをおすすめします。

Q. 過去分の源泉徴収票を紛失した場合は?

勤務先の経理部門に再発行を依頼できます。転職している場合は、当時の勤務先に問い合わせてください。

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医療費控除の実例は2パターンで比較

実際の体験談をもとに成功パターンと失敗リスクを解説します。

ケース1: マイナポータル連携で30分完了

状況: 会社員Aさんは、自分と配偶者の医療費を合算すると年間18万円。確定申告は初めてだった。

判断: スマホでe-Taxを使い、マイナポータル連携で医療費通知を自動取得。手入力は交通費のみで済んだ。

結果: 作成開始から送信完了まで30分。2週間後に還付金1.6万円が振り込まれた。

「医療費控除を簡単に済まそうとしたら、マイナポータル連携で同一世帯の家族分医療費も自分のスマホから一括手続きできた」

体験者からはこうした声も上がっています（医療費控除を簡単に済まそうとしたら）。

分岐点: マイナポータル連携を使わず、すべて手入力していたら、2時間以上かかっていた可能性があります。

ケース2: 領収書紛失で一部申告断念

状況: 会社員Bさんは、年間医療費が25万円以上あったが、領収書を整理しておらず、半分以上を紛失していた。

判断: マイナポータル連携は知らず、手元の領収書だけで申告しようとした。

結果: 申告できた医療費は10万円程度にとどまり、還付額も想定の半分以下に。

会社員からはこうした事例も報告されています（確定申告 スマホで提出）。事前準備をしていれば、Bさんも全額申告できた可能性があります。

分岐点: 年初からマイナポータル連携を設定し、医療費通知を活用していれば、領収書紛失の影響を最小限に抑えられていたはずです。

医療費控除実例に関するよくある質問

Q. マイナポータル連携の医療費通知はどこまでカバーされる?

健康保険組合が把握している医療費（保険診療分）が対象です。自費診療や交通費は通知に含まれないため、別途記録が必要です。

Q. 領収書を紛失した場合、医療機関に再発行を依頼できる?

医療機関によっては再発行に応じてもらえます。ただし、再発行手数料がかかる場合もあるため、事前に確認してください。

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医療費控除の申告は7項目でチェック

スマホでの医療費控除申告を漏れなく進めるために、以下のチェックリストを活用してください。

事前準備チェックリスト

• マイナンバーカードを手元に用意したか
• 利用者証明用電子証明書のパスワード（4桁）を確認したか
• マイナポータルアプリをスマホにインストールしたか
• 源泉徴収票を手元に用意したか

申告時チェックリスト

• マイナポータル連携で医療費通知を取得したか
• 医療費通知に含まれない費用（交通費等）を手入力したか
• 還付金の振込先口座を正しく入力したか

医療費控除チェックリストに関するよくある質問

Q. マイナポータルアプリは事前にログインしておくべき?

はい。初回ログイン時にパスワード入力や利用者登録が必要なため、確定申告当日ではなく事前に済ませておくとスムーズです。

Q. 源泉徴収票は原本が必要?

e-Taxで申告する場合、原本の提出は不要です。スマホカメラで読み取るため、手元にあれば十分です。

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医療費控除管理は5つの仕組みで解決

医療費控除を毎年スムーズに申告するために、日常的な管理の仕組みを整えましょう。以下のハックを参考に、自分に合った方法を取り入れてください。

ハック1: 医療費集計フォームで入力時間を80%削減

【対象】医療費の領収書が10件以上あり、手入力に時間がかかっている方

【効果】確定申告書等作成コーナーへの入力時間を80%削減でき、30分以上の時短が可能

【導入時間】低（15分）

【見込める効果】高

【手順】

1. 国税庁サイトから「医療費集計フォーム」のExcelファイルをダウンロードする（2分）
2. 日付・医療機関名・対象者・金額を入力する（10分〜）
3. 確定申告書等作成コーナーで「医療費集計フォームを読み込む」を選択する（3分）

【コツ】事前にExcelで一括入力してから読み込むことです。入力ミスの修正も容易になり、複数年分の申告にも再利用できます。

【なぜ効くのか】確定申告書等作成コーナーの入力画面は1件ずつの入力を前提としており、件数が多いと操作が煩雑になります。Excelでの一括入力なら、コピー&ペーストや数式も使えるため効率が大幅に向上します。

【注意点】医療費集計フォームには所定のフォーマットがあります。列の追加や削除をすると読み込みエラーになる場合があるため、フォーマットは変更しないでください。

【最初の一歩】今日中に国税庁サイトから医療費集計フォームをダウンロードする（3分）。

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ハック2: 家計アプリ連携で医療費を自動記録

【対象】領収書の管理が苦手で、毎年申告時期に慌てて集める方

【効果】医療費の記録漏れを90%防止でき、申告時の集計時間を10分以内に短縮

【導入時間】中（30分）

【見込める効果】高

【手順】

1. マネーフォワードやZaimなどの家計アプリをインストールする（5分）
2. 医療費カテゴリを作成し、支払い時に記録する設定をする（10分）
3. クレジットカード連携を設定し、医療機関での支払いを自動取得する（15分）
4. 年末に医療費カテゴリをCSV出力し、医療費集計フォームに転記する（10分）

【コツ】支払い時にアプリ記録と領収書撮影を同時に行うことです。紙の領収書を探す手間がなくなり、金額の入力ミスも防げます。

【なぜ効くのか】医療費控除の申告で最も時間がかかるのは「領収書を集めて金額を転記する」作業です。日常的に自動記録しておけば、この作業がほぼゼロになります。

【注意点】アプリの医療費カテゴリには、保険適用の診療費と自費診療が混在する場合があります。申告時には、対象となる医療費かどうかを確認してください。

【最初の一歩】今日中に家計アプリをインストールし、医療費カテゴリを作成する（15分）。

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ハック3: マイナポータル代理人設定で家族分を一括取得

【対象】配偶者や子どもの医療費を合算して申告したい方

【効果】家族分の医療費入力時間を大幅に削減し、手入力の手間を最小化

【導入時間】中（20分）

【見込める効果】高

【手順】

1. マイナポータルにログインし、「もっとつながる」を選択する（3分）
2. 「代理人の設定」から家族のマイナンバーカードを登録する（10分）
3. 確定申告書等作成コーナーで「マイナポータル連携」を選択する（5分）
4. 本人分と代理人分の医療費通知が自動で反映される（2分）

【コツ】マイナポータル代理人設定を使うことです。一度設定すれば、毎年自動で家族分の医療費が取得されます。

【なぜ効くのか】代理人設定により、確定申告書等作成コーナーが家族の医療費通知にもアクセスできるようになります。手入力の手間がなくなるだけでなく、入力ミスも防げます。

【注意点】代理人設定には、設定される側（家族）のマイナンバーカードとパスワードが必要です。家族の同意を得た上で設定してください。

【最初の一歩】今日中にマイナポータルにログインし、代理人設定の画面を確認する（10分）。

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ハック4: 医療費カレンダーで申告漏れを30日前に発見

【対象】複数の医療機関に通院しており、支払いタイミングがバラバラな方

【効果】申告対象の医療費を漏れなく把握でき、控除額を最大化できる

【導入時間】低（10分）

【見込める効果】中

【手順】

1. Googleカレンダーに「医療費」カレンダーを新規作成する（3分）
2. 医療機関に行った日に金額と医療機関名を登録する（1分/回）
3. 月末に1か月分の医療費を集計する（5分）
4. 年末に年間合計を確認し、申告対象かを判定する（5分）

【コツ】医療費専用カレンダーで可視化することです。カレンダーは日常的に目に入るため、記録習慣が定着しやすくなります。

【なぜ効くのか】医療費は「支払った日」が基準となるため、カレンダーとの相性が良いです。通院のたびに記録することで、領収書を紛失しても金額を把握できます。

【注意点】カレンダーの記録はあくまで補助です。領収書は5年間の保存義務があるため、併せて保管してください。

【最初の一歩】今日中にGoogleカレンダーで「医療費」カレンダーを作成する（3分）。

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ハック5: 年始リマインダーで還付金を最速受取

【対象】毎年確定申告シーズンに慌てて申告している方

【効果】還付金の受取を2〜3週間早められ、確定申告シーズンの混雑も回避

【導入時間】低（5分）

【見込める効果】中

【手順】

1. スマホのリマインダーアプリを開く（1分）
2. 毎年1月5日に「医療費控除の申告開始」のリマインダーを設定する（3分）
3. リマインダーが届いたら、確定申告書等作成コーナーにアクセスする（1分）

【コツ】1月上旬に還付申告することです。還付申告は1月1日から可能であり、早く申告するほど早く還付されます。

【なぜ効くのか】還付申告は通常の確定申告期間を待つ必要がありません。1月に申告すれば、混雑を避けられるだけでなく、2月中には還付金を受け取れます。

【注意点】1月上旬は源泉徴収票がまだ届いていない場合があります。勤務先から届き次第、すぐに申告できるよう準備しておきましょう。

【最初の一歩】今日中にスマホで1月5日のリマインダーを設定する（2分）。

医療費控除管理ハックに関するよくある質問

Q. 家計アプリと医療費集計フォーム、どちらがおすすめ?

日常的な記録習慣がない方は家計アプリから始めてください。すでにExcelに慣れている方は医療費集計フォームが効率的です。

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まとめ：医療費控除はスマホで30分完了

医療費控除は、年間10万円超の医療費を支払った会社員が所得控除を受けられる制度です。年末調整では申告できず、確定申告が必要ですが、スマホとマイナンバーカードがあれば30分程度で完了します。

家族分の医療費は「生計を一にする」条件を満たせば合算でき、所得が最も高い人が申告すると節税効果が大きくなります。還付申告は翌年1月1日から5年間いつでも可能なので、焦らず準備を進めてください。

マイナポータル連携を活用すれば、医療費通知の自動取得や家族分の一括申告も可能です。1月中の早めの申告を検討してみてください。

今日から実践できる3つのアクション

1. マイナンバーカードとパスワードを確認する
2. マイナポータルアプリをインストールする
3. 昨年の医療費領収書を集計する

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医療費控除は「やり方さえわかれば難しくない」制度です。この記事で紹介した5ステップとチェックリストを活用し、スマホで申告を完了させてください。まずはマイナンバーカードとパスワードの確認から始めましょう。

状況別/次の一歩

あなたの状況	次の一歩	所要時間
マイナンバーカードを持っていない	市区町村の窓口で申請する	30分+受取待ち
パスワードを忘れた	市区町村の窓口で再設定する	20分
医療費が10万円に届かない	セルフメディケーション税制を検討する	15分
過去分も申告したい	過去の源泉徴収票を準備する	30分

医療費控除のやり方に関するよくある質問

Q. 医療費控除の確定申告にかかる時間は?

スマホとマイナンバーカードを使ったe-Tax申告であれば、30分〜1時間程度で完了します。マイナポータル連携で医療費通知を自動取得すれば、さらに時短が可能です。

Q. 医療費控除で還付される金額の目安は?

控除額×所得税率が還付額の目安です。医療費15万円（控除対象5万円）で所得税率20%なら、約1万円が還付されます（freee）。

Q. 通院の交通費は医療費控除の対象になる?

公共交通機関（電車・バス）の交通費は対象です。ただし、自家用車のガソリン代や駐車場代は対象外です。タクシー代は、やむを得ない事情がある場合のみ対象となります。

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【出典・参照元】

本記事は以下の情報源をもとに作成されています。

公的機関

• 国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
• 国税庁「医療費控除を受ける方へ」
• 国税庁「医療費控除の入力方法」

民間調査/企業

• freee「確定申告で医療費控除を受けるには？やり方・計算方法」
• freee「医療費控除をスマホで確定申告するには？」
• freee「医療費控除はいつまでに申告？」
• マネーフォワード「年末調整で医療費控除はできない？対象や計算方法」

体験談/ユーザーの声

• note「確定申告 スマホで提出」
• note「医療費控除を簡単に済まそうとしたら」
• はてなブログ「【医療費控除】スマホでe-Tax、確定申告やってみた！」

※記事内容は2025年1月時点の税制・法令に基づいています。税制改正等により内容が変更される場合があります。