マイナンバーカード確定申告は5ステップで完了

マイナンバーカードを使った確定申告は、2026年2月16日〜3月16日の期間にe-Taxで完結します。マイナポータル連携を活用すれば、医療費控除やふるさと納税の証明書を自動取得でき、入力の手間を大幅に削減できます。

この記事では事前準備から送信完了までの手順を解説します。

この記事の結論

マイナンバーカード方式のe-Tax確定申告は、マイナンバーカードと対応スマートフォンがあれば自宅から完結できます。マイナポータル連携を使えば控除証明書の自動取得が可能で、2024年調査では利用者の48.2%がこの機能を活用しています（弥生）。

パスワードを忘れた場合もコンビニで初期化できるため、初めての方でも安心して申告を始められます。

今日やるべき1つ

マイナポータルアプリをスマートフォンにダウンロードし、マイナンバーカードを読み取ってログインできるか確認する（10分）。

状況別ショートカット

あなたの状況	読むべきセクション	所要時間
初めてe-Taxを使う	マイナンバーカード確定申告の事前準備は4点セット	5分
パスワードを忘れた	マイナンバーカード確定申告のパスワードは2種類	3分
自分に該当する申告方法を知りたい	マイナンバーカード確定申告の方式を3分で診断	3分
医療費控除とふるさと納税を併用したい	マイナンバーカード確定申告は医療費控除と併用可能	5分
過去分の申告をしたい	マイナンバーカード確定申告は過去5年分まで対応	3分
実務で役立つコツを知りたい	マイナンバーカード確定申告は5つの仕組みで効率化	10分

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マイナンバーカード確定申告の事前準備は4点セット

「何を準備すればいいかわからない」という悩みは珍しくありません。マイナンバーカード方式でe-Tax確定申告を行うには、以下の4点を事前に揃えておく必要があります。

マイナンバーカードは申告の必須アイテム

マイナンバーカード方式とは、マイナンバーカードを使用してe-Tax上で確定申告を行う方法です。カードに搭載された電子証明書で本人確認を行うため、税務署への届出が不要で、取得したその日から利用できます。

カードを持っていない場合は、市区町村の窓口で申請が必要です。発行まで1か月程度かかります（政府広報オンライン）。

対応スマートフォンかICカードリーダライタを用意

パソコンで申告する場合は、マイナンバーカード読取対応のスマートフォン、またはICカードリーダライタが必要です。スマートフォンのマイナポータルアプリでパソコン画面のQRコードを読み取れば、ICカードリーダライタがなくてもe-Tax送信が可能です。

スマートフォン単体で申告する場合は、そのスマートフォンがNFC読取に対応している必要があります。

マイナポータルアプリは連携の要

マイナポータルアプリをスマートフォンにインストールすることで、e-Taxとの連携や各種控除証明書の自動取得が可能になります。アプリはApp StoreまたはGoogle Playから無料でダウンロードできます。

インストール後、マイナンバーカードを読み取ってログインし、初期設定を完了させておきましょう。

利用者識別番号はWebから取得可能

e-Taxを利用するには16桁の利用者識別番号が必要です。取得方法は3つあります。

1. Webからマイナンバーカードを使ってアカウント登録する方法
2. マイナポータルの「外部サイトとの連携」からe-Taxを利用する方法
3. 税務署でID・パスワード方式の届出を作成する方法

詳細はfreeeで確認できます。マイナポータル経由での取得が最もスムーズです。

マイナンバーカード確定申告の事前準備に関するよくある質問

Q. ICカードリーダライタはどこで購入できる?

家電量販店やAmazonなどの通販サイトで2,000〜3,000円程度で購入できます。対応スマートフォンがあればICカードリーダライタは不要です。

Q. マイナポータルアプリの対応機種は?

iOS 15.0以上、Android 9.0以上のNFC対応スマートフォンで利用可能です。具体的な対応機種はマイナポータル公式サイトで確認できます。

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マイナンバーカード確定申告のパスワードは2種類

マイナンバーカードには2種類のパスワードがあり、それぞれ役割が異なります。確定申告時に「パスワードが違う」とエラーになる場合、どちらのパスワードを入力すべきかわからず困る方も珍しくありません。

署名用パスワードは英数字6〜16桁

署名用電子証明書パスワードは、確定申告書に電子署名をする際に使用します。英数字6〜16桁で、英字は大文字のみ有効です。

e-Tax送信時に必ず求められるため、事前に確認しておきましょう。5回連続で間違えるとロックがかかります。

利用者証明用パスワードは数字4桁

利用者証明用電子証明書パスワードは、マイナポータルへのログインやコンビニでの住民票取得などに使用します。数字4桁で、3回連続で間違えるとロックがかかります。

「初めて使う署名用電子証明書パスワードに戸惑った」

初回申告者からはこうした声も上がっています（初めての確定申告体験談）。

パスワードを忘れた場合はコンビニで初期化可能

2025年からJPKI暗証番号リセットアプリとコンビニ等のキオスク端末を利用してパスワードを初期化できるようになりました。

一方のパスワードがわかっている場合のみコンビニでの初期化が可能です。両方のパスワードを忘れた場合は、住民票のある市区町村の窓口で手続きが必要です（税理士ブログ）。

マイナンバーカード確定申告のパスワードに関するよくある質問

Q. パスワードのロック解除にかかる時間は?

コンビニでの初期化は即時完了します。市区町村窓口での手続きも、混雑状況によりますが当日中に完了するのが一般的です。

Q. パスワードを変更できる?

はい、マイナポータルアプリまたは市区町村窓口でいつでも変更可能です。定期的な変更は必須ではありませんが、セキュリティ上の理由で変更したい場合は対応できます。

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マイナンバーカード確定申告の方式を3分で診断

「自分はどの方法で申告すればよいか」という悩みは珍しくありません。以下の診断で3分以内に最適な申告方法を判定できます。

Q1: マイナンバーカードを持っていますか?

• はい → Q2へ
• いいえ → 【結果A】ID・パスワード方式を検討

Q2: 対応スマートフォンまたはICカードリーダライタを持っていますか?

• はい → Q3へ
• いいえ → 【結果B】対応機器を準備してマイナンバーカード方式へ

Q3: 青色申告で65万円控除を受けたいですか?

• はい → 【結果C】マイナンバーカード方式でe-Tax申告
• いいえ → 【結果D】マイナンバーカード方式またはID・パスワード方式を選択

診断結果の活用方法

結果	次のステップ
結果A	税務署でID・パスワード方式の届出を作成する
結果B	対応スマートフォンまたはICカードリーダライタを準備し、マイナンバーカード方式へ
結果C	マイナンバーカード方式でe-Tax申告を行う（65万円控除の必須条件）
結果D	マイナポータル連携のメリットを考慮してマイナンバーカード方式を推奨

青色申告で最大65万円の特別控除を適用するためには、e-Taxの利用が必須条件です（freee）。

Q. ID・パスワード方式とマイナンバーカード方式の違いは?

ID・パスワード方式は税務署での本人確認が必要ですが、マイナンバーカード方式は自宅で完結します。ID・パスワード方式ではマイナポータル連携による控除証明書の自動取得ができません。

Q. スマホとパソコンどちらで申告すべき?

簡単な申告であればスマホで十分です。複数の収入源がある場合や、詳細な入力が必要な場合はパソコンの方が作業しやすいでしょう。

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マイナンバーカード確定申告の実例は2パターンで比較

ここでは、実際の体験談をもとに成功パターンと失敗リスクを解説します。

ケース1: マイナポータル連携で申告が簡単に完了

状況: 会社員として働きながら副業収入がある30代。医療費控除とふるさと納税の申告が必要だった。

判断: マイナポータル連携を事前に設定し、控除証明書の自動取得を活用することにした。

結果: 確定申告書等作成コーナーで自動取得されたデータを確認するだけで、入力作業が大幅に短縮された。申告完了後、約3週間で還付金が振り込まれた。

「感想はというと、とっても簡単！簡単すぎて心配になり、家族に確認してもらった。申告して7日後には還付金処理状況に関するメールを受け取った」

体験者からはこうした声も上がっています（e-Taxで確定申告体験談）。

分岐点: マイナポータル連携を使わなければ、控除証明書を1件ずつ手入力する必要があり、作業時間が2〜3倍になっていた可能性があります。

ケース2: 初回設定で悪戦苦闘して時間超過

状況: フリーランスとして活動する40代。初めてe-Taxを利用することにした。

判断: 申告期限直前に準備を始め、マイナポータルとe-Taxの連携設定を当日に行おうとした。

結果: 連携設定の画面遷移がわかりにくく、行ったり来たりを繰り返して数時間かかった。結局、マイナポータル連携での控除証明書取得が間に合わず、手入力での申告となった。

「初回利用の今回、マイナポータルにふるさと納税の寄付状況や健康保険情報などを連携させたりとかなり準備が必要だった。スマホ画面のインターフェースもわかりにくく行ったり来たりを繰り返し悪戦苦闘した」

初回利用者からはこうした事例も報告されています（e-Tax還付金振込体験談）。

分岐点: 申告期限の2週間前から準備を始めていれば、マイナポータル連携の設定に余裕をもって取り組め、控除証明書の自動取得も活用できた可能性があります。

マイナンバーカード確定申告の実例に関するよくある質問

Q. マイナポータル連携で取得できる証明書は?

医療費控除、ふるさと納税、生命保険料控除、住宅ローン控除、給与所得の源泉徴収票などが自動取得の対象です。2024年調査では48.2%の利用者がマイナポータル連携を活用しています（弥生）。

Q. 控除証明書の自動取得にはどのくらい時間がかかる?

事業者によって異なりますが、連携申請から取得可能になるまで数日〜1週間程度かかる場合があります。申告期限に余裕をもって準備を進めてください。

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マイナンバーカード確定申告は医療費控除と併用可能

医療費控除とふるさと納税を両方申告したい場合、「どちらかしか受けられないのでは」と不安に感じる方もいます。結論として、両方を併用できます。

確定申告が必須となる点に注意してください。

医療費控除とふるさと納税は同時に申告できる

医療費控除とふるさと納税は併用可能です。ワンストップ特例制度は使えなくなり、必ず確定申告が必要になります。

マイナポータル連携を活用すれば、医療費通知とふるさと納税の寄附金受領証明書を自動取得できるため、入力の手間を軽減できます（さとふる）。

医療費控除があるとふるさと納税上限額が減少

医療費控除を適用すると所得から医療費控除分が差し引かれ、課税所得が減少します。それによって「住民税所得割額」も減少するため、ふるさと納税の控除上限額が減少します。

具体的な影響額は個人の所得状況によって異なりますが、医療費控除額の2〜3%程度がふるさと納税上限額の減少目安となります。

確定申告書への記入順序は医療費控除が先

確定申告書等作成コーナーでは、以下の順序で入力します。

1. 収入・所得を入力
2. 医療費控除を入力
3. ふるさと納税（寄附金控除）を入力

この順序で入力することで、正しい控除額が自動計算されます（朝日新聞ふるさと納税）。

マイナンバーカード確定申告の医療費控除併用に関するよくある質問

Q. 医療費控除の対象となる金額は?

年間の医療費が10万円（総所得金額等が200万円未満の場合は総所得金額等の5%）を超えた部分が控除対象となります。

Q. ふるさと納税のワンストップ特例を申請済みだが確定申告する場合は?

確定申告を行うとワンストップ特例の申請は無効になります。確定申告書にすべてのふるさと納税寄附を記載し直す必要があります。

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マイナンバーカード確定申告は過去5年分まで対応

「去年の申告を忘れていた」という場合でも、5年以内であれば遡って申告が可能です。

期限後申告は5年以内なら可能

過去の確定申告を忘れていた場合でも、5年以内であれば遡って申告（期限後申告）できます。たとえば、2025年分の確定申告は2031年3月15日まで期限後申告が可能です（AGS）。

還付申告は対象年の翌年1月1日から5年間

還付を受けるための申告（還付申告）の場合は、対象となる年の翌年1月1日から5年間、いつでも申告が可能です。確定申告期間（2月16日〜3月16日）に限定されず、年間を通じて申告できます。

e-Taxで過去分を申告する手順

確定申告書等作成コーナーで「過去の年分の申告書等を作成する」を選択し、該当年度を指定して作成します。

マイナポータル連携で取得できる控除証明書は当年分のみのため、過去分は手元の書類を参照して入力する必要があります。

マイナンバーカード確定申告の過去分申告に関するよくある質問

Q. 期限後申告にペナルティはある?

納税額がある場合は延滞税や無申告加算税が発生する可能性があります。還付申告の場合はペナルティはありません。

Q. 過去分と今年分を同時に申告できる?

はい、可能です。それぞれ別々の申告書として作成し、e-Taxで送信します。

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マイナンバーカード確定申告は5つの仕組みで効率化

「毎年の申告作業を少しでも楽にしたい」——この声に応えるのが、以下5つの仕組みです。

ハック1: マイナポータル連携で入力時間を60%削減

【対象】医療費控除、ふるさと納税、生命保険料控除など複数の控除を申告する方

【効果】控除証明書の手入力が不要になり、入力時間を約60%削減できる

【導入時間】低（30分）

【見込める効果】高

【手順】

1. マイナポータルにログインし、「外部サイトとの連携」を選択する（5分）
2. e-Taxを連携先として追加し、初期設定を完了する（10分）
3. 各種控除証明書の発行事業者（保険会社、ふるさと納税サイト等）で連携申請を行う（10分）
4. 数日後、マイナポータルで証明書が取得可能になったことを確認する（5分）

【コツ】申告期限の2週間前までに連携設定を完了することです。控除証明書の取得には数日〜1週間かかるため、早めの準備が効率化の鍵となります。

【注意点】すべての事業者がマイナポータル連携に対応しているわけではありません。対応状況は各事業者のWebサイトで確認してください。

【最初の一歩】マイナポータルにログインし、「外部サイトとの連携」からe-Taxを追加する（10分）。

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ハック2: 申告前チェックリストで確認漏れをゼロに

【対象】初めてe-Taxで確定申告する方、毎年何かしら確認漏れが発生する方

【効果】申告前の確認項目を7つに整理し、確認漏れによる修正申告を防止できる

【導入時間】低（15分）

【見込める効果】中

【手順】

1. 以下のチェックリストをコピーまたは印刷する（2分）
2. 各項目を1つずつ確認し、チェックを入れる（10分）
3. すべての項目にチェックが入ったら申告を送信する（3分）

申告前チェックリスト:

• マイナンバーカードの有効期限を確認したか
• 署名用パスワードと利用者証明用パスワードを確認したか
• すべての控除証明書を取得または手元に準備したか
• 源泉徴収票の内容を正しく入力したか
• 還付金の振込先口座を正しく入力したか
• 住所・氏名に誤りがないか
• 送信前プレビューで金額を最終確認したか

【コツ】送信前に5分間のプレビュー確認をすることです。一度送信すると修正申告が必要になり、手間が大幅に増えます。

【最初の一歩】上記チェックリストをコピーして、申告時に使用できるよう保存する（5分）。

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ハック3: QRコードログインでICカードリーダライタ不要に

【対象】ICカードリーダライタを持っておらず、パソコンで確定申告したい方

【効果】スマートフォンでQRコードを読み取るだけで、パソコンからe-Tax送信が可能になる

【導入時間】低（10分）

【見込める効果】高

【手順】

1. パソコンで確定申告書等作成コーナーにアクセスし、「マイナンバーカード方式（2次元バーコード）」を選択する（2分）
2. 画面に表示されるQRコードをスマートフォンのマイナポータルアプリで読み取る（3分）
3. スマートフォンでマイナンバーカードを読み取り、パスワードを入力する（3分）
4. パソコン画面が自動的に次のステップに進むことを確認する（2分）

【コツ】QRコード方式を選ぶことです。ICカードリーダライタの購入費用と設定の手間が不要になります。

【注意点】QRコードの有効期限は数分間です。読み取りがうまくいかない場合は、QRコードを再表示してから再度試してください。

【最初の一歩】スマートフォンにマイナポータルアプリがインストールされているか確認し、ログインテストを行う（5分）。

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ハック4: 申告データ保存で翌年の入力時間を50%短縮

【対象】毎年同じような内容で確定申告する方、住所や振込先が変わらない方

【効果】前年の申告データを読み込むことで、基本情報の入力時間を約50%短縮できる

【導入時間】低（5分）

【見込める効果】中

【手順】

1. 確定申告書等作成コーナーで申告完了後、「申告データをダウンロード」を選択する（2分）
2. ダウンロードした.dataファイルをパソコンのわかりやすい場所に保存する（1分）
3. 翌年の申告時に「作成再開」→「保存データを利用」を選択し、ファイルを読み込む（2分）

【コツ】前年データを読み込んで変更点だけ修正することです。住所、氏名、振込先口座など毎年変わらない情報を再入力する手間を省けます。

【注意点】データファイルの保管場所を忘れないようにしてください。転居や口座変更があった場合は必ず修正が必要です。

【最初の一歩】今年の申告完了後、申告データをダウンロードしてパソコンに保存する（5分）。

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ハック5: 還付金振込通知メールで安心感を確保

【対象】申告後に「本当に処理されているか不安」と感じる方

【効果】還付金の処理状況をメールで受け取り、振込予定日を事前に把握できる

【導入時間】低（5分）

【見込める効果】中

【手順】

1. e-Taxにログインし、「メッセージボックス」→「通知設定」を選択する（2分）
2. メールアドレスを登録し、通知を受け取る項目を選択する（2分）
3. 申告後、還付金処理状況に関するメールが届くことを確認する（確認は数日〜3週間後）

【コツ】メール通知設定で処理状況を追跡することです。不安を解消しつつ、問題があれば早期に対応できます。

【注意点】迷惑メールフォルダに振り分けられる場合があります。e-Taxからのメールが届かない場合は、迷惑メール設定を確認してください。

【最初の一歩】e-Taxにログインし、メッセージボックスの通知設定でメールアドレスを登録する（5分）。

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マイナンバーカード確定申告のハックに関するよくある質問

Q. マイナポータル連携に対応している保険会社は?

主要な生命保険会社、損害保険会社の多くが対応しています。具体的な対応状況は国税庁の「マイナポータル連携特設ページ」で確認できます。

Q. 申告データは何年分保存しておくべき?

少なくとも5年分は保存しておいてください。過去分の修正申告や、翌年の申告時に参照するために役立ちます。

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まとめ：マイナンバーカード確定申告は事前準備で効率化

マイナンバーカードを使った確定申告は、事前準備を整えれば自宅から簡単に完結できます。4点セット（マイナンバーカード、対応スマホまたはICカードリーダライタ、マイナポータルアプリ、利用者識別番号）を準備し、申告期限の2週間前までにマイナポータル連携を設定しておくことが効率化のポイントです。

パスワードは署名用（英数字6〜16桁）と利用者証明用（数字4桁）の2種類があり、忘れた場合もコンビニで初期化可能です。医療費控除とふるさと納税の併用、過去5年分の申告にも対応しているため、さまざまな状況に柔軟に対応できます。

2026年分（令和7年分）の確定申告期間は2月16日〜3月16日です。期限直前に慌てないよう、今日から準備を始めてください。

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マイナンバーカード方式のe-Tax確定申告は、一度設定すれば毎年の申告作業が格段に楽になります。最初の準備には少し時間がかかりますが、その投資は確実にリターンがあります。

「簡単だった」という先輩申告者の声を参考に、今年からマイナンバーカード方式に挑戦してみてください。

状況別/次の一歩

あなたの状況	次の一歩	所要時間
マイナンバーカードを持っていない	市区町村窓口でマイナンバーカードを申請する	30分（窓口）+発行まで約1か月
4点セットがまだ揃っていない	不足アイテムを今日中にリストアップし、準備を開始する	15分
マイナポータル連携が未設定	マイナポータルにログインし、e-Taxとの連携設定を行う	30分
パスワードを忘れている	コンビニまたは市区町村窓口でパスワードを初期化する	15分〜30分
申告書の作成を始めたい	確定申告書等作成コーナーにアクセスし、マイナンバーカード方式で開始する	60分〜

マイナンバーカード確定申告に関するよくある質問

Q. 確定申告期間はいつからいつまで?

2026年分（令和7年分）の確定申告期間は、2026年2月16日〜3月16日です。還付申告の場合は2026年1月1日から受付可能です（国税庁）。

Q. マイナンバーカードなしでe-Taxは使える?

はい、ID・パスワード方式でe-Taxを利用できます。税務署での本人確認が必要で、マイナポータル連携による控除証明書の自動取得はできません。

Q. e-Taxで送信した後の還付金振込はいつ?

e-Taxでの申告は紙の申告より処理が早く、約3週間で還付金が振り込まれます。処理状況はe-Taxのメッセージボックスで確認できます。

Q. スマホだけで確定申告は完結する?

はい、スマートフォン単体で確定申告を完結できます。確定申告書等作成コーナーのスマホ版から、マイナンバーカードを読み取って申告書を作成・送信できます。

Q. マイナポータル連携の設定がうまくいかない場合は?

マイナポータルの「お問い合わせ」ページから、マイナンバー総合フリーダイヤル（0120-95-0178）に連絡できます。e-Taxヘルプデスク（0570-015-901）でも対応しています。

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【出典・参照元】

本記事は以下の情報源をもとに作成されています。

公的機関

• 政府広報オンライン「令和7年分の確定申告はマイナンバーカードを使って」
• 国税庁「マイナポータルと連携した所得税確定申告手続」
• 国税庁「スマホとマイナンバーカードでe-Tax！」

民間調査/企業

• freee「e-Taxで確定申告をするやり方とは？一連の流れや必要書類」
• freee「マイナンバーカードを使った確定申告のやり方をわかりやすく解説」
• 弥生「マイナンバーカードを利用した確定申告（e-Tax）」
• さとふる「ふるさと納税の控除と医療費控除を受ける際の確定申告の書き方」
• 朝日新聞ふるさと納税「ふるさと納税と医療費控除は併用できる！」
• AGS「確定申告とは？スマホ（e-tax）でのやり方や必要書類」
• 税理士ブログ「マイナンバーカードのパスワードはコンビニ等で初期化できる」

体験談/ユーザーの声

• note「初めての確定申告体験談」
• はてなブログ「e-Taxで確定申告体験談」
• はてなブログ「e-Tax還付金振込体験談」

※記事内容は2026年1月17日時点の税制・法令に基づいています。税制改正等により内容が変更される場合があります。